三崎臨海実験所では、間近に磯や干潟のある環境と最先端の研究機器を生かし、学生および一般市民を対象とした教育活動を行っています。
学部・大学院の教育活動としては、東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻の協力講座Iとして活動を行い、当該学科・専攻の実習を行うとともに、大学院生の指導に当たっております。また、他大学の学生・院生を交えて海産生物を利用した実習を行う公開臨海実習（講座名：特別臨海実習）を年2回開催しています。その他にも、当実験所を利用して、全国の10以上の国公立、私立大学の臨海実習が行われています。
市民向けの教育活動としては、2012年3月に三浦市との連携協定を締結し、市内の小中学校における海洋教育を促進するする活動と海洋教育展示室の一般公開を行っています。また、相模湾生物ネットワーク（SBネット）事業として、年数回の自然観察会を開催していました（現在、自然観察会は、実験所の事業として開催しています）。文部科学省サイエンスパートナーシッププログラム（SPP）事業の受け入れも行っており、中学、高校の生徒および教員を対象とした専門的な実習を開催しています。
当実験所主催の教育活動についての詳細は、以下をご覧ください。
- 大学生・大学院生向けの実習
(1)東京大学理学部生物学科臨海実習
(2)公開臨海実習（東京大学理学部特別臨海実習） - 一般向けの自然観察会
- 展示室の開設と見学受入れ（現在は記念館の危険建物判定に伴い中止）
- 海洋教育写真コンテストの開催（三浦市教育委員会との共催）
また、当実験所で作成した教材については、以下をご覧ください。